ドロップするファイルとドロップされるファイルは、別のフォルダにあってもかまわないが、複数ファイルをドロップする場合、これらは同じフォルダにある必要があるようだ（別々のフォルダに散らばったファイル同士を一度にドロップしてまとめることはできない）。

拡張子の指定はインストール（初回起動）時に自動的に開くダイアログ上で行えるが、2回目以降は、再度インストーラ（Smart-Folders-Installer.exe）を起動し、このダイアログを開いた上で行う必要がある。拡張子を指定した場合、ドロップ先となるファイルの形式が限定されるが、ドロップするファイルは限定されない（形式を問わず新規フォルダへ移動となる）ので、この点も留意されたい。