緑色の戦闘服を装着した主人公を操り、敵の攻撃を避けながら鉱石を回収する

「グリーンランナー」は、武器を持たない主人公が敵の攻撃をひたすら避け続ける、シンプルかつ手強い“避けアクションゲーム”。敵の攻撃パターンは多彩で、ギミックも満載。難易度はプレイヤーの腕前に応じて変化する。全ステージのクリア後には、アーケードモードやボーナスバトルといったオマケも用意されている。

ゲームの主人公は、首都圏でサラリーマンとして勤める男、不動六郎（ふどうろくろう、通称フドー）。不動流自転車（チャリンコ）輪法の使い手で、強い自然力（グリーンパワー）を持つ。フドーは、大地震の被災地に取り残され、救援を待つ両親のもとに向かうため、愛用の自転車「グリフォン」を駆っていた。被災地では長引く火災で原発が危険な状態にあり、半径20km以内の地域には避難勧告が出されている。自らの危険も省みず、両親のもとへと向かうフドー……だったが、危険地域の中、浦賀石水鳥（うらがいしみどり、通称ミドリ）と出会い、新たなクリーンエネルギー「グリーンジェム」を巡る戦いの渦中に巻き込まれてゆく。

ミドリは、莫大な資産を持つ浦賀石財閥の令嬢。見た目は20代になったばかりのうら若く、おしとやかなお嬢様だが、数々の強化手術を受け、生身でも放射線や熱に耐えることができる。

ミドリに説得され、フドーは「グリーンジェム」を被災地に届ける決心をする。そのためには、謎の組織に奪い去られた「グリーンジェム」を回収する必要があった……。

エリアを一つクリアするごとに、ミドリの立ち絵が変化してゆく

ゲームを開始すると、最初のチャレンジエリアを選択するための、スゴロクのようなマス目が表示される。マス目にはノベルパート用とアクションエリア用の2種類があり、交互に並んでいる。プレイヤーは、【←】/【→】キーでマス目を移動して【Z】キーで決定し、チャレンジエリアに入る（この画面で【X】キーを押すとメニューが表示される。メニューでは、現在の状態をセーブすることが可能。オートセーブ機能のON/OFFも可能だ）。

ノベルパートではミドリの立ち絵が表示され、ゲームの背景などが語られる。アクションエリアは、各エリアとも四つのステージからなり、すべてをクリアするとエリアクリア。次のエリアにチャレンジできるようになる。

ゲームの目的は、敵の攻撃やトラップ、敵本体との接触をひたすら避けながら、フィールド内にあるすべての「グリーンジェム」を集めること。フドーのバトルスーツには武器の装備はなく、敵を攻撃することはできない。しかし、バトルスーツを装着することでジャンプ力などが大幅に強化され、空中での方向転換なども自在に行えるようになる。足場から足場に飛び移ったり、敵の攻撃や敵本体などを飛び越えて避けたりしながら、「グリーンジェム」を回収してゆく。

「グリーンジェム」を五つ集めた瞬間、ステージ上の敵やトラップが消滅

操作は、キーボードまたはゲームパッドで行う。使うのは左右移動キー（【←】/【→】）と、ジャンプキー（【Z】/【X】/【C】のいずれか）のみ。ジャンプキーを押す長さで、ジャンプの距離や高さは細かく調節できるようになっている。空中で【←】/【→】キーを押して、落下方向を変更することも可能だ。

各ステージには敵モンスターが待ち受け、さまざまなトラップも仕掛けられている。敵モンスターやその攻撃、トラップなどに触れてしまうとアウト。フドーの残機が1機減り、そのステージ最初からのやり直しとなる。

大きな特徴は、プレイヤーの腕に合わせて難易度が変化すること。同じステージで何回もミスをすると、出現する敵やトラップの数が少しずつ減る。エリア1では、前のステージでの成績が悪いと、次のステージで本来出現するはずの魔女が出てこない。逆に好成績でクリアすると、非常にやっかいなモンスターが登場する。