「Smart Defrag 3」は、システムの安定性やディスクアクセス速度の低下の原因となる「断片化」を解消するためのデフラグソフト。大容量ハードディスクに対応したデフラグエンジンを搭載し、従来以上に短時間で効果的なデフラグを行うことが可能。（通常はデフラグできないファイルを）Windowsの起動時にデフラグする「ブートタイムデフラグ」機能も利用できる。さらにファイルの再配置、自動デフラグ、スケジュールデフラグなど、多彩な機能を搭載する。

メイン画面は、上部にドライブリスト、下部にはタブ切り替え式の表示・設定画面が配置された構成。画面下部では、選択したドライブのデフラグ実行状況や自動デフラグされたファイルのデータ確認、ブートタイムデフラグの設定などを行うことができ、任意のタイミングでデフラグや分析を実行できる。デフラグで選択できるのは、

1. デフラグのみ
2. デフラグと高速化
3. デフラグと完全最適化
4. デフラグとファイルの優先化

1. 高速分析
2. 完全分析

パソコンを使用していないときに自動的にデフラグを行ってくれるのが「自動デフラグ」機能。デフラグの実行中でも、ほかのプログラムがディスクアクセスを開始すると、即座にデフラグが中断される。「デフラグを実行している」ことを意識することなく、利用できる。

「ブートタイムデフラグ」では、Windowsの起動後では移動できなくなるシステムファイルをデフラグすることが可能。より完全なデフラグを行える。

あらかじめ指定したスケジュールでデフラグを実行したり、一定時間ごとにデフラグを実行したりすることも可能。デフラグ終了時に、自動的にパソコンをシャットダウンさせることもできる。Windows 8/8.1では、デスクトップモードのアプリケーションだけでなく、Windowsのストア（Metro）アプリのデフラグも行える。

独自開発のデフラグエンジンは、アクセス頻度が高いファイルやシステムファイルを、ディスク内でもより高速なアクセスが可能な領域に配置して、Windowsの実行速度や安定性を高める。