「CUBE-GYM」は、三次元空間上にさまざまな色のキューブを配置することで、ドット絵や文字、キャラクタなどを描ける3Dグラフィックソフト。2種類の描画モードを備え、レゴなどのブロックを組み立ててオブジェクトを作成するような感覚で作画できる。キューブの色や表示方法を変更したり、高さ・幅・奥行の比率を変更したりすることも可能。配置できるキューブの上限数も変えられる。画面の移動・回転や照明のON/OFF、照明位置の変更も可能。スクリーンショット撮影機能も備える。

描画は「サイコロや角砂糖を積み重ねて、オブジェクトを作成する」ようなイメージ。ただし、個々のキューブは重力の影響を受けず、ほかのキューブと完全に切り離されて中空に“浮かんだ”状態でも配置できる。

ひとつの作品で使用できるキューブのサイズは1種類。キューブを配置する3D空間のサイズは、8×8×8から32×32×32の四段階から選択できる（例えば8×8×8では、最大512個のキューブを配置できる）。キューブの形状は初期状態では立方体だが、比率を変更すれば、直方体にすることも可能。個々のキューブの色は16色のパレットから選択・指定でき、あらかじめ設定されている色のほかにカスタム色も使える。照明の有無を設定することも可能。照明をONにした場合は、キューブの影になる部分は暗く表示され、陰影がつく。照明OFFの場合は、キューブはどの方向から見ても均一の色となる。

利用できる描画モードは「キャンバスモード」「アタッチモード」の2種類。「キャンバスモード」は、フィールドを縦・横・高さ方向と平行な平面（キャンバス）で区切り、キャンバス上をマウスでドラッグして、キャンバス内のグリッドにキューブを配置する方式。現在のキャンバス内にキューブを配置できたら、キャンバスを移動させて再びキューブを配置してゆく（例えば、等高線の形に切り抜いたボール紙を貼り重ねれば、山の立体模型が作成できるが、これと同じ考え方）。「アタッチモード」は、既存のキューブに隣接する場所に新たなキューブを配置できるもの。より直感的に操作できる。

マウスをドラッグするだけでキャンバスにキューブを連続配置できる「キャンバスモード」で大まかな形を整え、そののち、ブロックを単発的に細かく配置できる「アタッチモード」で編集する、という使い方ができる。

画面の上下左右への移動、回転、拡大・縮小はメイン画面上のボタンで行うことが可能。回転および拡大・縮小は、マウスの左右ボタンを押しながらのドラッグでも行える。