小隊長として部隊を運営する戦術シミュレーションゲーム。敵との交戦では、リアルタイムアクションの要素もある。「幻想戦記ガンドライブ・アーツ」は、戦闘小隊を管理・運営するシミュレーション要素と、ロボット戦闘によるアクション要素が融合したゲーム。舞台となるのは、人型の戦闘兵器が存在する近未来の日本。プレイヤーは、関東方面への進攻を行っている師団配下の小隊長「草薙優」として、第0846小隊を指揮することになる。最初の任務地は「兵庫」、最終目的地は「東京」だ。戦闘に勝利し、制圧が進むにつれて行動範囲が広がってゆく。
ゲーム開始時点での小隊の総員数は10名。小隊の最大人数は初期状態で12人で、功績により小隊レベルが上がると人数枠が増える。最終的には最大24名までの増員が可能となる。
小隊には、進攻を阻む敵への陽動作戦任務が与えられており、行動は隊長の判断に一任されている。基本的には、部隊を管理・運営するシミュレーションパートの「軍備フェイズ」と、部下を引き連れて友軍部隊とともに戦闘に参加するアクションパートの「戦闘フェイズ」を繰り返しながら進む。局面の要所要所で、副長の沢渡少尉がアドバイスをしてくれる。
「軍備フェイズ」では、部隊の運営・維持に必要な作業の担当者を指定したり、機体の整備・修理の予約を行ったりする。毎回欠かせないのが、後方支援担当者の決定で、とりわけ「調理」「衛生」は重要。「調理」は全員の体力回復に直接関係し、「衛生」は部隊の衛生環境を改善させて体力回復への悪影響を除去する。出撃を行うならば、レーダーで敵味方の位置を把握できるようにしてくれる「誘導」担当者も指定した方がよい。
戦闘フェイズ終了後の「機体修理」「機体整備」の予約も、あらかじめ軍備フェイズで行う必要がある。さらに、「作業指揮」担当者を指定しておくと、隊員の作業効率を向上させることができる。
「幻想戦記ガンドライブ・アーツ」には、「資金」の概念が存在しない。代わりに、戦闘によって獲得した「功績値」を使うことで、小隊の装備を充実させることができるようになっている。
弾薬、食料、医薬品などの物資は、特に要請を行わなくとも毎週月曜日と戦闘の翌々日に届けられる。補充量は、小隊レベルや戦闘における功績によって決まる。それとは別に、物資・兵器の補充や新しい隊員の追加を行うコマンドも用意されている。ただし、追加要請は1日に一度しか行うことができず、物資や兵装の要請にはそれに見合った功績値も必要となる。
必要な設定をすべて行ったのち、戦闘を行うならば「戦闘出撃」を、休息や治療、修理などを優先して戦闘に参加しないならば「日程終了」コマンドを実行すると、「軍備フェイズ」が終了する。拠点が複数ある場合は「拠点移動」も可能だ。ただし、拠点移動には丸一日が必要で、ほかの作業が行えなくなる。
「戦闘フェイズ」では、友軍部隊と合同で戦闘を行う。戦闘はリアルタイムで進むアクションゲームで、自機を操って敵と交戦しながら味方に指示を出してゆく。戦闘は、敵軍/友軍のどちらかが全滅するか、プレイヤーの撃破・撤退で終了する。当然ながら、プレイヤーが撤退した場合は自軍の敗戦扱いとなる。戦闘では、基本的に時間の制限はないが、ミッションによっては制限時間内に条件をクリアできないと、敗戦扱いになることもある。
戦闘にはプレイヤーのほか、小隊の戦車兵が出撃する。機体には、プライマリウェポン(主装)とセカンダリウェポン(副装)の2種類の武器を装備できる。武器にはそれぞれ威力・精度・射程などが設定されている。
一度に戦闘に参加できる人数は、プレイヤーを含めて8人まで。プレイヤーは、寮機を直接操作できない代わりに、「待機」「委任」「移動」「撤退」などの命令を与えることができる。命令は機体ごとに個別に行えるほか、全機体にまとめて指示を出すことも可能だ。
時には「特定の目標物を破壊「特定の場所まで護衛」といった明確な目標が示されるミッションや、夜戦イベントが発生することもある。夜戦では、「夜戦」スキルを所持していないキャラの戦闘能力が低下する(スキルを持っていれば戦闘能力が上がる)。