ちょっと気が強い精霊使いの少女と、やさしい闇の精霊が冒険を繰り広げるファンタジーRPG。「Little Spirits」は、人間と精霊が“当然のように”ともに暮らしている世界が舞台のファンタジーRPG。ところがある日、「光の精霊」が世界から消え、太陽が昇らなくなってしまう。光の精霊の消失とともに、不思議な場所で目覚めたのが小さな「闇の精霊」。すべての記憶を失って目覚めた闇の精霊は、人間の世界に下りてみるが、突然現れた精霊使いの少女・リーセルに切りつけられる……。
多少乱暴だが、優しい心を持つリーセルと、リーセルのお供をする風の精霊・ラチェア、妖精の村に住む能天気な妖精・クレオとともに、プレイヤーの分身となる闇の妖精は、なぜか光の精霊の消失をめぐる事件に巻き込まれてゆく。
闇の精霊は、ある理由でリーセルと冒険を行うことになるが、このとき行く手を阻むのが、ダンジョンなどに出現する敵モンスターの存在。戦闘は、敵のグラフィックアイコンに接触すると画面が切り替わるシンボルエンカウント方式。敵は、黄色い光とともに突然フィールドに現れる。フィールド上の敵をすべて倒しても、時間とともに次々と新しいモンスターが出現する。
ただし、パーティにリーセルが加わっていれば、モンスターの現れる「巣穴」を封印できる。封印すると、特定エリアのモンスターが消えるほか、特定の障害物などが消えることもある。障害物を取り除くことで先に進めるダンジョンも多い。一度封印した巣穴を復活させることも可能だ。
ラチェアがパーティに加わっている場合は、「ジャンプ」できる。ダンジョンで行き詰まった場合、ジャンプで先に進めることもある。ジャンプが可能なポイントは多くはないが、重要なジャンプポイントは赤い三角印で表示されている。
闇の精霊には、敵を倒すごとに「闇ポイント」がたまる。闇ポイントを使って、行く手を阻む煙のような黒い「闇」を払えるようになっている。現在たまっている闇ポイントは、ダンジョン内では常に画面上で確認できる。ダンジョンごとに存在する闇の数は決まっており、「このエリアの闇消去率」を確認することも可能だ(すべての闇を払うとどうなるかは、ゲームをプレイしてのお楽しみ)。
魔法は、「魔法のカケラ」というアイテムを消費して覚える必要がある。魔法のカケラは、街中やダンジョンで手に入ったり、町の住民に話しかけることで手に入ったりする。木の陰や、ちょっと工夫をしないと手が届かない場所などに置かれていることもある。魔法の中には「動物と話す」といったちょっと変わったものも用意されている。これらの魔法を覚えると、街での楽しみが増える。
水や大地といった「神殿」では、一定のお金を払うことで、強さなどのステータスを強化できる。「Little Spirits」では、レベルアップのスピードが早くはないので、ステータス強化は強い味方になるだろう。
ゲーム内には「お楽しみ要素」も数多く用意されている。特にダンジョン内には、謎を解除しなければ先に進めない仕掛けも多い。仕掛けには、ダンジョン内のオブジェクトを使ってスイッチを押すものや、暗号をといて鍵を解除するもの、岩を動かして障害物を排除する「倉庫番」風のものまで、パズル要素のある謎がいっぱい。さらに、タイミングよくキーを押すことで、トロッコを走らせるなどのアクション要素を含むミニゲームもある。
特定の場所に行くとプレイできるのが「闘技場」と「カジノ」。闘技場はその名の通り、敵と戦って優勝することでアイテムをもらえるゲーム。カジノでは、コインを使ったカードゲームができる。カジノで手に入るコインは、さまざまな景品と交換することが可能で、カジノでしか手に入らないアイテムもある。