キメラを生成して仲間にしながら、30階にもおよぶダンジョンを攻略するRPG。「神の山」はゲーム名にもなっている、天と地をつなぐ「神の山」を舞台にしたファンタジーRPG。人々は、醜いモンスターがはびこるこの山に登ることを「自ら死を選ぶこと」と捉えていた。主人公は、そんな神の山に挑む青年「アニン」。物語は、アニンがたったひとりで神の山に乗り込む場面からスタートする。
この世界では、人類は神から滅亡の宣告を受けていた。世は混乱し、人々は必死で救済法を探りながら、明日かも、あるいは100年後かもしれない「審判の日」に怯える日々を過ごしていた。神の預言通り、人類は滅びてしまうのか? そして、なぜアニンは神の山に登ろうとするのか? 神の山の頂上でアニンを待つものとは……。
戦闘システムはシンボルエンカウント方式。プレイヤーが使える武器やモンスターには、それぞれ赤・黄・青の3色の属性が設定され、赤い武器で赤い敵、青い武器で青い敵というように、同じ色の武器で敵を攻撃すると、通常の倍のダメージを与えることができる(ただし、なかには無属性の武器やモンスターも存在し、これらには属性攻撃は無効)。
ゲームシステムは一見、オーソドックスなものに見えるが、キャラクタのステータスやレベルをアップするといった成長的要素がない点が特徴。キャラクタのパラメータは装備で変化する。また、防具を装着しても防御力は上がらないが、代わりにHP/MPの最大値を修正することはできる。
特徴的なのが、ダンジョン内の隠し通路や隠し宝箱を見つけ出す「探索モード」と、モンスターの細胞を使って生成する「キメラ」だ。「探索モード」は、ダンジョンを移動する際に【Z】キーを押し続けると起動する。探索モードではダッシュができなくなるが、通常の移動時には見えない隠し通路や隠し宝箱を確認できるようになる。また、画面上に「集中力」メーターが現れ、数値が少しずつ減少してゆく。数値が0になると探索モードが起動できなくなってしまう。集中力は、スタート地点にある回復ポイントでないと回復することができない。
もうひとつの重要な要素「キメラ」は、モンスターの細胞から作られ、主人公の大切な仲間となるもの。主人公ひとりだけでの戦闘には限界があり、早い段階で戦闘能力の高いキメラを仲間にすることが必要不可欠だ。キメラを生成するのは簡単で、モンスターを倒すと手に入る「○○の細胞」を、神の山のふもとにいる「キメラ師」に渡せばよい。二つの細胞を合成することも可能で、別の細胞を作り出すことができる。合成でしか手に入らないレアな細胞もあるので、いろいろと試してみるとよい。