独特の感触で弾むボールを操作する、シンプルでユニークなアクションゲーム。思い通りに動かないボールをゴールまで導くことが目的。「ぽよボール」はその名の通り、ぽよぽよと弾む奇妙な感触のボールを使うアクションゲーム。ボールは、壁や床などの障害物にぶつかると一瞬粘りついてから弾むという、独特な動き方をする。ジャンプや地面を転がるときの感触も普通のボールとは微妙に異なり、ボールの弾む角度や高さ、タイミングなどをつかむのが難しい。ゲームの目的は、動きに癖のあるこのボールを操作して、旗(ゴール)までたどり着かせることだ。
操作はキーボードで行う。【←】/【→】でボールが左右に移動し、【↑】でボールがジャンプする。ボールが地面に着いているときに【←】/【→】を押すと横に転がり、キーを押す長さで転がる速度と距離を調整できる。ボールが空中にあるときに【←】/【→】を押すと、落下する方向を変えられる。
【↑】を単独で押した場合は、ボールは真上にジャンプする。ボールのバウンド中に【↑】を押すと「空中ジャンプ」して高いところまでジャンプさせることが可能。【↑】と同時に【←】/【→】を押すと、ボールが左右方向に山なりにジャンプする。
用意されたステージ数は、「easy」マップが10、「normal」マップが10の計20。二つのマップはそれぞれ独立しており、どちらのマップも手持ちのライフが10個の状態からゲームがはじまる。ライフは、ボールがステージ周囲の床や天井のない部分から外に落ちてしまうたびに1個ずつ失われ、0になるとゲームオーバー。ステージ内に落ちている「1up」アイテムを取ると、ライフの数が増える。
「ぽよボール」では、敵キャラは登場しない代わりに、さまざまな種類の床(ブロック)が障害物になる。床には、通常のもののほか、「転がりやすい/転がりにくい」「乗り続けると崩れる」「ボールを高く跳ね上げる」「矢印の方向にボールを跳ね飛ばす」など、さまざまなものがある。
接触するたびにステージ上の重力を上下反転するブロックも登場する。上下反転している間はボールが上方向に引っ張られる。ジャンプ操作は【↓】キーに変わり、押すことで下方向にジャンプする。
スキンに対応し、画面の雰囲気を変えてプレイすることも可能。用意されているスキンは「デフォルト」「モノトーン」の2種類。スキンは、ゲーム開始(メイン画面が開く)前に表示されるダイアログから選択できる。
同梱されたマップエディタ(poyoedit.exe)を使用して、オリジナルステージを作成することも可能。操作法の解説は特に用意されていないが、シンプルなエディタで、すべての操作をマウスで行えるのでわかりやすい。きちんとゲームをして、各ブロックの特性やゲーム全体の特徴を理解している人であれば、直感的に操作できるだろう。
エディットデータの作成はマップ単位で行う。1ファイルにつき1マップを作成する形で、1マップには最大で999個のステージを登録できる。