昔懐かしいアーケードゲーム風の“固定画面・面クリア型”アクションゲーム。羽を次々に投げつけて相手を浮かせ、体当たりして敵キャラをやっつけてゆく。「ハネハネパラダイス」はその名の通り、「羽」を使って敵と戦うアクションゲーム。主人公は「ヘンリー」と「ニコラス」の双子の兄弟。1Pプレイのほか、2Pプレイも可能だ(兄のヘンリーが1P側、弟のニコラスが2P側のキャラとなる)。用意されたステージは全100面。
操作は、キーボードまたはジョイスティックで行う。方向キー(カーソルキーまたは十字ボタン)はプレイヤーキャラの左右移動、【X】キー(Bボタン)でジャンプする。【Z】キー(スペースキー/Aボタン)はショットで、キャラの向いている方向に羽を投げる。現在いる場所から床をすり抜けて下に降りるには、方向キーを下に入れながらジャンプする。方向キーをすばやく連続押しすることで、左右にダッシュすることも可能。ショットボタンを押し続けることで、羽の生えた敵をすり抜けて通ることもできる。
操作方法や感覚は、昔のアーケードゲームとほとんど同じ。「ハネハネパラダイス」をやり込むには、なるべくジョイスティックを使った方がよい。
敵との戦いは、ショットボタンを押して、敵キャラに羽をぶつけることからはじまる。ただし、羽をぶつけただけでは敵を倒すことはできない。何度か羽をぶつけ続けると敵キャラに羽が生え、宙に舞う。この状態の敵キャラに体当たりをすることで、相手を跳ね飛ばし、倒すことができる仕組み。跳ね飛ばした敵キャラが他の宙に浮く敵にぶつかった場合は、その敵も同時に倒せる。跳ね飛ばす方向を調節し、多くの敵がいる場所を狙うことで、高得点を狙えるようになっている。
ただし、羽の生えた敵は宙を飛び回るため、体当たりは容易ではない。特に、敵が最後に1体だけ残ってしまった場合は、羽が生えたときに高速で飛び回る上、羽の生えている時間が短いため、非常にやっかいだ。
さらに、攻略に時間がかかりすぎると「ブラボーグ」という名の敵が出現し、プレイヤーキャラを追いかけてくる。ブラボーグは、プレイヤーキャラの攻撃を一切受け付けない。
羽の生えてない敵に触れるか、攻撃を受けるとプレイヤーキャラを1体失い、キャラのストックがなくなるとゲームオーバー。ただし、クレジットがなくなるまではコンティニューできる。
画面内の敵をすべてやっつけると面(フロア)クリアとなり、次の面に自動的に進む。こうしていくつかの面をクリアすると、ボスキャラが待ち受ける最終面に到達する。最終面をクリアすると、ステージクリアとなる。
最終面の戦い方は、他の面とはやや異なる。ボスは大きすぎて、羽を投げつけても宙を舞わせることはできないが、多少のダメージは与えられる。最終面にはボス以外にも、常に一定数の敵キャラが登場する。この敵キャラを宙に舞わせてボスキャラにぶつけ、大きなダメージを与えてゆくのが、他の面とは異なる点だ。ボスを倒すには、画面中央上部に表示されるエネルギーゲージを0にすればよい。ただし、ボスの中には0にしただけではダメで、最後に体当たりをしないと復活してしまうものもいるので、注意が必要だ。
ボーナスステージも用意されている。敵を倒した際に、アイテムとして「アルファベット」が出現することがある。アルファベットを集め、画面下部に表示されている「アルファベット・トレー」の文字をすべて埋めると、ボーナスステージに突入する。