能力の異なる3人のキャラクタを操り、人間を襲う凶暴な巨大アリの群れやその背後に潜むテロリストたちを撃破してゆくアクション中心のRPG。6種類のサブウェポンと特殊武器の使い方がゲームのポイント。「アリウォーズ3」はその名の通り、巨大なアリと戦うという設定のアクションRPG。プレイヤーが操作するのは、「退治屋」をしている「アルバート」「ザック」「シルバー」の3人。3人はいつものようにアリ退治の依頼を受け、とある辺鄙な村へと赴く。今回はアリ退治用の新兵器を装備したこともあり、すっかり楽勝気分だったが、突如謎の敵から戦闘ヘリで襲われ、状況が一変する。実は今回のアリ騒動は、テロリストの仕掛けた「動物爆弾(アニマルウェポン)」テロだった。二日以内にアリを絶滅させないと、国の生命線を握る施設が大打撃を受けてしまう。国防軍の依頼により、3人は爆弾アリ退治に乗り出すことになる……。
ゲームの目的は、フィールド内にいるアリを一匹残らず退治すること。すべてのアリを退治すると「GO」の文字が表示され、次のフィールドに進める。各ミッションの最後には対ボス戦として、さまざまな兵器や警備ロボ、テロリストとの戦いが待っている。あるので、要注意。
3人が共通に使える武器は、対赤アリ用に新開発されたビームサーベル「セイバー」と、カートリッジを交換することで6種類の用途に対応する銃「ETG(エネルギートランスガン)」。そのほかにキャラ独自の特殊武器がある。アルバートは、自分の周囲9マスにダメージを与える「ポイズンミスト」。ザックは、セイバーよりも大きな威力を持つ「ソード」。そしてシルバーは、遠隔爆弾の「C4」を使うことができる。これらの武器を駆使して、襲ってくる巨大アリやテロリストを撃破し、ミッションをクリアしてゆく。
最初のミッションは、「ハノール村」のアリ退治。ゲームシステムとそれぞれのキャラの能力を理解するための手慣らしのようなものと思ってよい。使用するキャラは、アルバート、ザック、シルバーの順で、フィールドごとに固定されている(変更はできない)。ETGの武装も、前方に炎を連続放射する「フレイムショット」のみ(途中で、エネルギーをためて強力な弾を撃ち出せる「ヘヴィショット」の入手は可能)で、ある意味では、後半のミッションよりも厳しい。
「ハノール村」のミッションをクリアすると、いよいよゲームの本番だ。ここからは、地図を見ながら、次に挑戦するミッションを選択できるようになる。各ミッションのランクとボスのランクも表示されるので、それを見て挑戦するミッションを判断するとよい。
ミッションに派遣するキャラとその装備は、プレイヤーが指定する。「3人のうちの誰を使うか」で、ミッションの難易度が変わってくる。オプションで、敵の強さやアイテムの出現量を変更させることも可能。装備では、出撃時のETGの武装を指定できる。装備するETGのカートリッジは、前回のミッションで最後に装備していたものを持ち帰ってストックできるほか、本部の「Wチップショップ」で購入することも可能だ。さらに、各キャラの特殊武器を「ジャンプ」に変更することもでき、敵の攻撃などをジャンプして避けられるようになる。
選択できるミッションは、最初は「地熱発電所」「ノルド山のダム」「エタール摩天楼」「科学兵器工場」の4種類。ゲームが進むにつれて、新たなミッションが追加される。