能力の異なる見習い忍者三人組を操り、各地に散らばった密書を回収することが目的のアクションゲーム。パズル要素が盛り込まれた全20ステージが用意されている。「みしょみしょ」の「みしょ」は「密書」のこと。その名の通り、ステージ上に散らばった密書を集めて回り、最短時間でのゴールインを目指す。ゲームの主人公は、川下国忍軍の見習い忍者三人組。ある日、彼らの頭領が巻物を大量に盗み出す。川下国と敵対する山上国の殿様が大事にしていた巻物だ。しかし、巻物を入れていた袋に穴が開いており、せっかく盗み出した巻物が、敵城から忍びの里の間に散らばってしまう。そこに偶然通りがかった見習い忍者たち。頭領は、彼らの意識をそらし、自分の失敗をごまかすために「緊急任務」と称して密書の回収を命じる……という設定。
しかし、三人は「見習い」だけあり、「三人一組でやっと一人前」という頼りなさ。一応忍術も使えるが、ひとり一つずつしか習得していない。この三人の忍者──赤忍者・緑忍者・青忍者──を状況に応じて切り替えながら、ステージを攻略してゆく。
赤忍者の使える忍術は「ダッシュ」。通常の2倍の速度で走れる。クリアタイムを短縮するのに非常に重要な能力だ。緑忍者の忍術は「ハイディング」。姿が見えなくなり、敵の攻撃を受けなくなる。敵だらけの場所を移動する際に便利だ。青忍者の忍術は「フローティング」。宙に浮いて水や穴の上を通過できる。ただし、岩のように高さのあるものは飛び越えられない。3種類の忍術の使いこなしが、ゲーム攻略の最大のポイントとなる。
忍術を使うと、画面上部の「忍術メーター」が消費される。メーターが空になると、忍術が使用できなくなるので、要注意。メーターは三人で共通のものを使い、忍術の使用を止めると、時間とともに回復する。
ステージ数は全部で20。各ステージには穴や川、岩などの地形による障害が設けられているほか、イノシシやスライム、お化けに敵の忍者などの敵性キャラが、見習い忍者たちの行く手に立ち塞がる。川に落ちたり、敵キャラに触れてしまったりすると、たちまちゲームオーバー。現在操作中の忍者だけでなく、待機中の忍者が触れてもアウトだ。
ステージ上の密書すべてを集めるとゴールに光の柱が立ち、その中に入るとステージクリアとなる。ゴールにたどり着くのは三人のうちの誰でもよい。密書を集めた忍者とゴールに到達した忍者が違っていても差し支えない。
ステージをクリアすると、次のステージを選択できるようになる。また、クリアタイムによって「下忍」「中忍」「上忍」の3段階のランクに評価される。上忍と評価される基準は、各ステージに設定されている「Target Time」を上回ることだ。