「謎の館」を探索しながら脱出を図る謎解きアドベンチャーRPG。パズル系の謎からアクションゲームまで、さまざまな仕掛けが用意されている。「知恵の館」は、不思議な館の中を冒険する、謎解き系のアドベンチャーRPG。主人公の「アレックス」は、普通の冒険者なら単独でもクリアできるといわれる「館」を探検することになる。しかし、中に入った途端、入り口が閉ざされた上、館にはさまざまな罠や仕掛けが用意されていた。アレックスは知恵を駆使して、この不思議な館の調査と、館からの脱出を目指す。
プレイヤーの目的は、多数の部屋に区切られた館の内部を探索し、最奥の部屋を目指すこと。ほとんどの部屋では、次の部屋に移動するための扉や階段が隠されている。そのため、床や壁を「調べて」仕掛けを見つける必要がある。多くの場合は隠し扉の前の床が少し汚れていたり、光が差し込んでいるといったヒントがあるので、注意深く探索すれば先に進むことができる。
ゲームには、パズル系の仕掛けも多数用意されている。複数のレバーの上げ下げパターンが通路を開く鍵になっている部屋や、暗号からパスワードを推測する仕掛け、障害物を押して通路を確保する「倉庫番」風のパズルなどがある。なかには、縦横斜めのどの方向から足しても同じ数になる「魔法陣」を作る算数問題や、記憶力を試す問題なども待ちかまえている。
さらに、頭を使うパズルだけでなく、「動き回る光を捕まえる」「動くワープアイテムに接触しないように扉まで移動する」といった、タイミングや反射神経が試されるアクションゲームも仕掛けられている。このような場面では、【Z】キーの2回連続押しで有効になるダッシュ機能「ダブルクイック」が重要。通常よりも速く移動できるようになるが、細かなコントロールが難しくなるので注意が必要だ。
戦闘場面は一般的なRPGに比べて少ない。しかし、敵の戦闘能力は高く、雑魚敵と戦ってレベルアップするという手法が使えないため、苦戦を強いられることが多い。戦闘能力の強化は、ダンジョン内で見つかるアイテムで行える。あるアイテムを入手すると「妖精」が経営する店に行くことができ、強力な武器や防具を手に入れられるようになる。装備する武器によって、発動できる剣技や魔法が異なってくる。
妖精の店では武器や防具のほか、消費MPを少なくできるアクセサリや、HPやMPを回復するアイテムなども購入できる。ただし、アイテムはすべて「現品限り」となっているので、回復系の使い切りアイテムは、基本的にダンジョン内で手に入れることになる。購入資金は、手に入れたアイテムを売却することで貯められる。
通常のアイテム以外に、手に入りにくい「シークレットアイテム」もある。見つけにくい場所の隠し部屋にあるものや、ラスボスよりも手強い敵を倒すことで入手できるものもある。手に入れなくてもゲーム進行には影響せず、何の役にも立たない「コレクションアイテム」もあるが、とんでもなく攻撃力が高い武器なども存在するので、敵と何度戦っても勝てないような場合には、探してみるのも手だろう。