地震により、動物園の檻から逃げ出した動物を捕まえるアクションパズルゲーム。異なる能力を持つ、飼育係の青年と動物好きの女の子の二人を使い分け、草食獣と肉食獣を捕獲し、逃げ遅れた人々を救出することが目的。「At The Zoo」は、青年と女の子の二人のキャラクタを交互に切り替えて使うシステムが特徴のアクションパズルゲーム。飼育係の青年は、麻酔銃を操作し、肉食動物を眠らせることができる。力があるので、倒れた樹やイス、壊れたベンチ、眠っている動物を押して動かしたり、工事用のバリケードを持ち運んだりすることができる。ただし、なぜか一切の動物に好かれないため、肉食動物、草食動物を問わず、動物に触れたり、前に立ちふさがったりすると襲われてしまう。
女の子は、まだ小さくて力がなく、バナナ以外のものを運んだり、押したりすることはできない。しかし、草食動物をなつかせて好きなところまで連れていき、その場で待機させることができる。動物園内で逃げ遅れたお客さんを誘導することも、女の子の役割だ。
プレイヤーが操作するキャラの切り替えは、キャンセルキー(【Esc】/【X】)で行う。一度に操作できるのは一人だけ。二人を交互に操作し、画面上のすべての肉食動物を麻酔で眠らせ、草食動物を檻の中に入れることができれば、ステージクリア。ただし、麻酔は効力を発揮するまでに数秒かかる(時間は動物により差がある)。また、肉食動物は麻酔銃で撃たれたとたん、怒って襲ってくるため、注意が必要。動物に襲われ、飼育係や女の子、草食動物などが傷ついたらゲームオーバーとなる。
動物園は「アメリカ園」「アジア園」「アフリカ園」の三つの園に分かれており、各10ステージずつ、計30ステージが用意されている。