決められた日数でキャラクタを訓練して、魔物のいる「塔」の攻略を目指すという設定の育成型RPG。キャラを育成する際に、玉の組み合わせでボーナスを得られるといったパズル的な要素が加えられている。「TRI TOWER」は「塔」の攻略をテーマにしたRPG。「ヒコサブロウ」「リンリン」の二人のキャラを「戦士」として育成し、魔物が潜む三つの塔を攻略することがゲームの目的。攻略すべき塔は育成(訓練)日数と難易度の異なる「呪歌の塔」(簡単)、「封印の塔」(普通)、「光の塔」(難しい)から選択できる。
ゲームの主な舞台は「探索地」と「武器店」。探索地は、各塔が建つ大陸のマップ上に数ヵ所あり、それぞれで獲得できる玉(「経験玉」)の数と、魔物の出現頻度・強さが異なる。プレイヤーは、キャラの経験値などに応じて適当な探索地を選ぶ必要がある。武器店では、キャラの強さに見合った武具や防具などのアイテムを入手することが可能で、ゲームの区切り(週末)ごとに利用できる。
プレイヤーはまず、最初の4日間で、ゲームのルールや基本操作を「訓練場」で身につける。その後、1週間単位で探索地を移動しながらキャラを鍛え、最後に塔の攻略にチャレンジする、というのがプレイの基本的な流れだ。ゲーム上の日数は、最も短い「呪歌の塔」で25日間となっている。
訓練では勾玉(まがたま)の形をした「経験玉」がキャラに与えられる。経験玉は「戦士」「魔術師」「僧侶」の各技能に対応しており、これをキャラに投入(授与)することで、点数分だけ技能の「経験値」が上がるようになっている。経験値は両キャラに共通した要素で、レベルアップするためには経験値10が必要。ただし、投入した玉の数字が必要な数字よりも大きかったときは、余分な数が“跳ね返され”て、レベルアップから遠ざかってしまう。そのほかにも、キャラごとの能力として「腕力」「知力」「素早さ」があり、これも経験玉を投入することで向上する。
また、経験玉を投入すると、キャラの「疲労度」が増す。疲労度が20に達すると一定期間、経験玉を投入できなくなってしまう。
両キャラが「経験玉」=訓練を受け取る「投入口」は、スロットマシンのような3連枠の形状をしている。玉は必ず一方向から投入され、先に入れた玉は順に送られて押し出される。枠内にある3個の玉の組み合わせによってボーナスやアイテムが得られる仕組みになっている(トライコンボ)。アイテムは「荷物袋」に入れて持ち運ぶか、ゴミ箱に捨てることができる。荷物袋やゴミ箱には経験玉を入れることもできるので、これらを利用して玉投入のタイミングを図ることで、育成をうまく運べるようになる。
探索地への移動時には、魔物と遭遇することがある。魔物との戦いは経験とみなされて、キャラの技能やレベルがアップするほか、勝つと装備品を入手できる。魔物に遭遇すると画面が「ENCOUNTER」モードに変わり、対戦が自動的に進められる。
ゲームのクライマックスである塔の攻略も「ENCOUNTER」シーンと同様、自動的に対戦が進む。1階から上の階に行くにしたがって、より強い敵が登場してくるが、この間、プレイヤーはマウスクリックでゲームを進めるだけでよい。有利に魔物と戦うためには、探索地を回りながらキャラになるべく高い技能を身につけさせ、効果的な武器や装備を入手する必要があり、この「育成」がゲームのポイントとなっている。